1、润肠通便，纳豆中的粘液素，有水溶性膳食纤维性质，可以大量吸收肠道内水分，起到良好的润肠通便作用。与纳豆菌协同作用，增强肠胃机能，改善便秘。通常，食用纳豆2—3次后，即会有良好感受。
2、调节血糖，纳豆具有辅助降血糖的功效。一是纳豆菌吞噬葡萄糖和粘物质的作用，二是纳豆中的高弹性蛋白酶，抑制了血糖增加。不少高血糖患者吃纳豆后，餐后血糖值出现明显下降趋势
3、溶解血栓，纳豆中含有大量能溶解血栓的纳豆激酶，它是一种溶纤维蛋白酶，可直接分解血栓，起到溶血栓，防血栓的功效。而血栓则是造成我们脑中风，心梗的最直接因素。所以长期吃纳豆还可以防治脑中风，心梗。
4、调节血脂，纳豆中含有纳豆木质素，这是一种植物纤维素，在水果，蔬菜中很难发现它的身影。它是公认的降解胆固醇的最佳物质，可以调节血脂，非常适宜高血脂、高血压人群食用。
5、排毒养颜，纳豆不受胃液的强酸影响，它能很快在肠道内定植并产生吡啶二羧酸，有助于杀灭、抑制肠道内的有害菌和病毒，起到排毒功效。而且，纳豆的粗提物中含有丰富的卵磷脂、不饱和脂肪酸、维生素e等抗氧化成分，能调节皮肤细胞和皮肤表面水和脂肪的平衡，促进血液循环，改善皮肤弹性，达到美容养颜、延缓衰老之功效。
6、防癌抗癌，纳豆中含有染木素、胰蛋白酶抑制剂，能抑制病原性大肠杆菌以及其它病原菌，如金黄色葡萄球菌、沙门氏杆菌、李斯特菌等。另外，纳豆中的异黄酮是一种防止细胞氧化的抗氧化物质，能进一步起到防癌抗癌的作用。
7、纳豆的食用方法：（1）纳豆苹果丁：纳豆有多种不同的吃法，平时把它和苹果放在一起吃，味道特别好。在食用以前需要准备纳豆一盒，苹果一个。把准备好的大豆倒在碗中，再加入调料，酱油和芥末，用筷子向同一方向搅拌三分钟使纳豆之间拉出很多白色的长丝，这时要把苹果去皮以后，切成小丁放在纳豆中调匀，就可以直接食用了。
（2）纳豆配米饭，纳豆配米饭也是它的常见吃法之一，在吃的时候先准备米饭一碗，纳豆一盒，鸡蛋一个，食用油和黑芝麻各适量。把米饭倒在盘中，鸡蛋入平锅煎熟，撒上黑芝麻，取出以后盖在米饭上。把纳豆取出加入自带和调料调匀然后放在米饭旁边，用微波加热二分钟取出以后，就可以享受纳豆配米饭的独有滋味了。