1、读音不同。
那里：读作nà lǐ。
哪里：读作nǎ lǐ。
2、意义不同。
那里：其中“那”是指与“这”而相对的，那是某一事物对于说话这本人而言是离开说话者的距离（或者时间等）相对于令一件事物比较远。
哪里：作为疑问词时，一般指地方、位置；作为否定词时，是指有自己的见解要表达。
3、用法不同。
那里：只能够作代词，表“那个地方”，指距说话人较远处；指代某一特定的事物或处所。
例句：歌曲《松花江上》：“我的家在东北松花江上，那里有森林煤矿，还有那满山遍野的大豆高粱……”
哪里：问什么处所；表示不确定的处所；泛指任何处所；用于反问句，表示否定；谦词，婉转地表示否定。
例句：张天翼《小彼得·面包线》：“无可如何的时候，他只得想想自己的媳妇－－天知道她流落到了哪里。”